当前我国在MES的应用方面，流程行业已明显走在了前面，其理论研究成果、MES产品、应用效益等都比离散制造业突出的多，相比之下，离散制造业MES研究和应用更加任重道远。
相对于流程行业，离散制造业有其特殊复杂性：多品种小批量甚至单件的生产模式使新产品开发频繁，产品设计是离散制造业主要行为之一；制造工艺复杂，生产中各制造过程的关联性很强；生产作业计划变更的几率非常大，生产环境复杂多变，在生产过程中的临时插单、材料短缺等问题时有发生，产品的生产周期受到重点设备生产周期的影响非常大。因此离散行业应用MES正在遭遇如下问题：
大数据量的处理。离散制造业往往有大量的数据需要处理，例如产品数据、库存数据、材料定额数据、生产计划数据、加工工艺信息、工时定额、工序信息、成本核算信息等等。而且由于生产信息的监视、控制和生产过程的管理要求是实时数据，因此，对于MES对于数据库的要求非常高，要求能进行大量实时数据的存储、比对、运作，产生各类统计分析报表等。
行业化特点难归纳。MES的另一难点在于数据的分类和存取！哪些数据是MES所需要的或者说是制造业企业所需要关注的？这些数据怎么数字化？应该怎样归纳和分类并适当存储，以及和其它行业数据的分类和存储该怎样的抽象和共处等，目前离散行业MES并没有诸如钢铁、化工等流程行业那样抽象成体现MES行业特性的地方。
底层数据收集的复杂性。这是离散制造业应用MES不可回避的问题。对于离散制造企业来说，虽然可以通过数控机床采集底层数据，然而由于机床型号各异，先进机床与老式机床并存，多品牌机床并存等，使得机床之间通讯接口不一样，同时，多数离散行业不存在组态软件的概念，设备基本都是独立运行的，所以离散企业在做数据采集时面临着很大的困难。
部分模块难以应用。MESA提出的完整MES系统包含11个功能组件，而现在在离散企业中，部分组件受现有工厂条件的限制，很难得以应用，如作业计划和排产组件，离散行业遇到的更多的是多品种小批量或单件生产，这类企业一个很现实的问题是计划不确定、计划变化多，插单现象非常明显，在这样的状况下如果进行模拟排产？ 如何针对计划变化提供快速反应及调整，并对调整后的计划进行评估？
在e-works走访企业的过程中，很多离散制造业企业都提到了上述的问题。如上海贝尔阿尔卡特就提到了MES的大数据量的问题，其生产现场每时都会有大量的数据需要处理，日积月累，目前的数据库系统已经越来越难以支撑大数据量的处理了，同时，标准化的产品难以适应国内企业灵活多变的现场生产环境。
因此，推广离散行业MES的应用，需要的学术界和产业界的共同努力，在实践的基础上不断摸索总结，探索出一条有别于流程行业的新路。
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